A partir del JDK 1.4, la cosa se simplifica notablemente con la incoroporación del método setLocationRelativeTo(java.awt.Component c) de la clase java.awt.Window.
Para centrar una ventana, sólo hay que pasarle el parámetro null a setLocationRelativeTo:
JFrame f = new JFrame();
f.setLocationRelativeTo(null);
f.setVisible(true); // Y la ventana se muestra centrada en la pantalla
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